Ainda que tenha sido lançado depois da obra original, a história de Lost Canvas se passa há 243 anos antes da trama original. A série dá destaque ao antigo Cavaleiro de Bronze de Pégaso, Tenma. Tenma é órfão como Seiya, e tem uma ligação forte com Alone, o hospedeiro de Hades na época, e com Sasha, a reencarnação de Athena, que moravam no mesmo orfanato que Tenma.
Uma das sagas mais queridas de Cavaleiros do Zodíaco, o Arco da Guerra Galáctica é o primeiro Arco da Saga do Santuário. Neste Arco são apresentados os Cavaleiros, os conceitos do Cosmo, os personagens principais, bem como a introdução da historia de Atena.
A Batalha das Dozes Casas é um dos arcos mais icônicos dos animes. Para salvar Atena, atingida no coração por uma flecha de ouro, Seiya e os outros Cavaleiros de Bronze precisam atravessar as Doze Casas do Zodíaco, derrotando os Cavaleiros de Ouro, e trazer o Grande Mestre para que ele retire a flecha antes que acabem as doze horas.
A Saga de Asgard é um dos arcos principais do anime Os Cavaleiros do Zodíaco, Hilda de Polaris é o corpo escolhido para receber o deus Odin, da mitologia nórdica, na Terra. Sua missão é garantir a paz e a ordem em Asgard. No entanto, após receber de Poseidon o Anel do Nibelungo, Hilda passa a seguir ordens do deus grego, declarando guerra a Atena.
Poseidon, o Imperador dos Mares, lutou contra Atena pela posse das terras áticas e acabou sendo aprisionado pela deusa logo após a Guerra Santa, ocorrida há milhares de anos. O deus grego volta encarnado em Jullian Solo e ele acaba raptando Saori, a levando para as profundezas do Mar Mediterrâneo, que é onde fica localizado o santuário do deus.
Diferente das outras, a Saga de Hades é dividida em três partes. Neste início intitulado Santuário, espectros são ressuscitados pelo deus do submundo, Hades. A intenção é atacar Athena e dominar o mundo. E ele ainda conta com ajuda de alguns Cavaleiros de Prata e de Ouro para enviar um exército para invadir o Santuário de Athena.
A Saga de Hades: Inferno é a segunda parte que se encaixa nesta saga. A única maneira de chegar ao Inferno sem se submeter aos domínios de Hades é despertando o oitavo sentido (Arayashiki), Atena e Shaka de Virgem atingem o Arayashiki e vão ao inferno enfrentar Hades.
A terceira e última parte da Saga de Hades, chamada de Campos Elíseos, conhecido como o paraíso do mundo dos mortos, é parte dos domínios de Hades e também o local para onde são enviadas as almas dos justos.
Depois de sacrificarem suas vidas para derrubarem o Muro das Lamentações para ajudar Seiya e seus amigos, todos os doze Cavaleiros de Ouro são revividos, com um novo inimigo esperando por eles em Asgard, onde terão que lutar uma vez mais.